La serie original, The X-Men aparecio en septiembre de 1963, como una analogía de la tensión racial que se vivía en los Estados Unidos en la época. La serie parte de la idea de que la evolución humana seguiría activa, encontrándose de hecho ante una encrucijada, en la que una nueva especie con grandes poderes y capacidades estaría naciendo, los mutantes. Ante esta situación aparecerían dos líderes con visiones antagónicas de cómo enfrentarse a esta nueva situación, Magneto y el Profesor Xavier.
El primer grupo no consiguió despertar el interés del público, llegando incluso hasta su cancelación a principios de los 70. Después de un relanzamiento con importantes cambios en 1975 a cargo del guionista Len Wein (que solo duró un número) y Chris Claremont (que lo sustituiría), Los X-Men se convirtió en uno de los cómics de superhéroes de mayor éxito, impulsando docenas de otros títulos y las carreras de los artistas y guionistas que trabajaban en él. Los X-Men se ha mantenido desde entonces como uno de los sellos distintivos de la compañía Marvel Comics.
El tema principal en sus historias es la persecución del denominado «sueño de Xavier»: la integración de los mutantes en una sociedad humana que les teme y que a la vez les necesita para su protección. Por este motivo, Charles Xavier (el Profesor X) decide reclutar a un grupo de jóvenes mutantes y adiestrarlos en el uso de sus poderes, con el doble fin de proteger a los humanos de villanos mutantes, así como de defender a su raza del miedo que despierta en los humanos. En contrapartida, otros grupos mutantes buscarían revelarse violentamente contra la humanidad, como raza superior que se consideran, encabezado el principal de ellos por Magneto, antiguo amigo del Profesor-X.